Dost Muhammad fracasó en la centralización del Estado. Su control sobre las provincias era tenue en tanto que los gobernadores podían crear sus propias redes de patronaje e incluso tener sus ejércitos y fiscalidad propias. Una manera de paliar este problema era nombrar gobernadores a sus hijos, pero el sistema funcionaba mientras viviera el padre; tras su muerte era una receta para el conflicto. Con 27 hijos, más 25 hijas, Dost Muhammed había dejado la mecha preparada para que a su muerte estallase un conflicto sucesorio. Y eso fue justamente lo que ocurrió. El prestigio de Dost Muhammad era tan fuerte que el conflicto se dirimió entre sus hijos y nietos únicamente. No hubo terceros de fuera de la familia que osasen intervenir. Otra cosa interesante es que, a diferencia de otros reinos, en estos conflictos los rivales intentaban no matarse unos a otros, si lo podían impedir.
Tras cinco años de guerra, quien se afianzó en el Trono fue Sher Ali, el tercero de los hijos que Dost había tenido con su esposa favorita. Con 16 esposas que tuvo, la favorita ya debía de tener muchas cualidades físicas e intelectuales para alcanzar esa posición. Sher Ali centró sus esfuerzos en crear un ejército profesional y en mejorar la Administración, requisito imprescindible para tener ese ejército. Una peculiaridad de Sher Ali fue que se fijó en cómo la India británica y el Asia Central rusa se desarrollaban y comenzó a soñar en algo parecido para su país. Por primera vez un gobernante afgano se fijaba objetivos que iban más allá de crear un ejército moderno y establecer la Administración que lo sustentase.
A Sher Ali le tocó vivir una época de expansionismo ruso desenfrenado. Aunque británicos y rusos sin contar con los afganos, acordaron que Afganistán quedaría como un Estado tapón entre ambos, pronto los británicos sintieron que no era suficiente a la vista de la agresividad rusa. Con Disraeli como Primer Ministro, los británicos comenzaron a pensar que necesitaban controlar más estrechamente los asuntos afganos; al extremo llegaron incluso a plantearse dividir Afganistán en sus provincias constitutivas e incorporarlo desgajado a la India. Fueron estas tensiones geopolíticas las que llevaron a la Segunda Guerra Anglo-Afgana.
La guerra comenzó como un juego de niños y su inicio casi coincidió con la muerte de Sher Ali. Apenas siete meses fueron necesarios para que Yaqub, el nuevo emir afgano, firmase el Tratado de Gandamak. En virtud de este Tratado, Afganistán cedió varios territorios fronterizos a la India británica, aceptó la presencia de una misión permanente británica en Afganistán (muchas veces las misiones permanentes británicas eran el primer paso hacia la constitución de un protectorado o incluso hacia la incorporación pura y dura), entregó el manejo de su política exterior al Imperio británico e integró a Afganistán en una zona de libre comercio con la India. A cambio los británicos se comprometieron a otorgar un subsidio anual al emir y a sus herederos. Se ve que lo de comprar voluntades sólo estaba mal cuando eran otros los que lo practicaban.
Al igual que en 1840, pronto empezaron los malentendidos. El principal fueron las protestas de tres regimientos de soldados de Herat que no habían recibido su soldada y que entendían que les correspondía a los británicos pagarla como nuevos señores del país. Para hacer la historia corta: las protestas se convirtieron en motín y el comisionado inglés en Kabul dejó de respirar en contra de su voluntad.
Los británicos, en un ejercicio de hubris que otros repetirían 120 años más tarde, decidieron que lo mejor era gobernar directamente el país, sin el colchón de un emir acomodaticio. Estallaron las suficientes rebeliones y hubo la suficiente cantidad de anarquía como para que los británicos se diesen cuenta de que lo mejor que podían hacer era encontrar a un emir acomodaticio y marcharse.
El beneficiario fue Abdur Rahman, un nieto de Dost Muhammad e hijo de uno de sus hijos mayores, Afzal Jan, cuya madre no debió de montárselo también como la de Sher Ali, porque no era una de las favoritas. Su designación fue en perjuicio de las élites durranis, que preferían a la familia de Sher Ali. Sus apoyos venían de los ghilzais y los kohistanis, que dieron prioridad a forzar la salida de los británicos sobre su lealtad al linaje de Sher Ali.
Como resulta tan habitual en la política afgana, siguió un período de guerra civil del que Abdur Rahman salió vencedor. Su principal baza fue su experiencia militar previa frente a unos rivales que no la tenían y tendían a dilatar las decisiones difíciles o arriesgadas. Los británicos conscientes de cómo la habían cagado con Yaqub, se dieron cuenta de que Abdur Rahman era su mejor opción. Abdur Rahman, por su parte, aceptó el trato. Su preocupación más inmediata era terminar de ganar la guerra civil y a continuación construir un auténtico Estado afgano.
Abdur Rahman consiguió unos ingresos que no había tenido ninguno de sus predecesores, gracias a los impuestos que estableció y a los subsidios que recibía de los ingleses. Pero esos ingresos se dirigieron a la constitución de un Ejército, no al desarrollo económico del país. En esto no fue muy diferente de sus predecesores. En lo que sí cambió las cosas fue en que buscó ampliar la base política del gobierno. Ello lo hizo cooptando a los pashtunes y haciendo de la jihad y la defensa del Islam parte indisoluble de las señas de identidad afganas
Después de haber ganado en la guerra civil, comenzó a aplastar a las fuerzas tradicionales que representaban los principales centros urbanos y las tribus autónomas, una palabra, eliminó las élites regionales. Abdur Rahman quería gobernar directamente el país de forma autoritaria, sin intermediarios, eliminando los antiguos centros de poder en la periferia. Lo consiguió con bastante violencia y astucia. Para el final de su reinado Afganistán era casi un Estado policial y el poder estaba sólidamente centralizado en Kabul. El problema es que el modelo que creó estaba desconectado de lo que habían sido las tradiciones afganas sobre el ejercicio del poder; un modelo que además creó una división entre las élites cultivadas de Kabul y el resto del país. Abdur Rahman había intentado transformar Afganistán sin contar con el pueblo. Sus sucesores tuvieron que lidiar con los intentos de ese pueblo de volver a los métodos tradicionales de gobierno y encontraron que mantener el Estado fuerte y centralizado que habían heredado, resultaba mucho más difícil de lo esperado.
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